San Isidro, cuyo nombre era Isidro de Merlo y Quintana, estuvo casado con Santa María de la Cabeza. Su amo fue el noble Juan de Vargas y en su casa en Madrid hay actualmente un museo con exposiciones temporales sobre temas madrileños y también con recuerdos relativos a la vida del santo.
Fue beatificado por Paulo V el 14 de junio de 1619 y canonizado el 12 de marzo de 1622 por Gregorio XV, junto a San Felipe Neri, Santa Teresa de Jesús, San Ignacio de Loyola y San Francisco Javier, aunque la bula de canonización no fue publicada hasta 1724 por Benedicto XIII. Fue declarado patrono de los agricultores españoles por Juan XXIII en bula del año 1960.
Debido a su profesión, labrador, se le considera también patrono de los labradores y es venerado en muchos pueblos con procesiones en las que se bendicen los campos. Es considerado también el Santo y patrón de los Ingenieros Agrónomos y también de los Ingenieros Técnicos Agrícolas. El 15 de mayo, día de su festividad, se realiza en Madrid una procesión con una imagen del santo, venerada en la antigua catedral madrileña.