Preside la cabecera de la parroquia de San Andrés de Cizur Mayor un excelente retablo renacentista finalizado en 1538, en cuya cabecera una inscripción delata su procedencia y sus mecenas. : ESTE RETABLO MANDARON ACER L/OS SNS ABAD I PUEBLO A SERBICIO / DE DIOS Y NUESTRA SA IS SAT ADRES SIEDO ABAD / EL BICS DO MRN BRIGAT I PRIMICIEROS /OCHOA DE ASIAIN I PEDRO DE ECBAGUREN I MI/GEL DE ARANBURO. ASENTOSE ANNO 1538. La inscripción dice así: “Este retablo mandaron hacer el abad y el pueblo a servicio de Dios y nuestra Santa Iglesia y san Andrés, siendo abad, el venerable Señor Don Martín Brigant, y primicieros Ochoa Asiain y Don Pedro de Echaguren y Miguel de Aramburo; asentase año 1538”.Retablo Mayor

Su traza recta desarrolla una organizada estructura en forma de damero. En altura dispone de un elevado banco articulado por pilastras de grutescos y surmontado por un friso de roleos y medallones con cabezas.

El banco da paso a dos cuerpos que se organizan en cinco calles separadas por balaustres que flan-quean cajas en las calles laterales y hornacinas en la central. La transición de cada cuerpo aparece marcada por un friso de grutescos. Finalmente, corona la mazonería un ático tripartito entre aletones laterales, cubierto por un frontón triangular.

La mazonería alberga cajas con pinturas sobre tabla -salvo en la calle central, reservada a escultura de bulto obra del pintor, vecino de Estella, Juan de Bustamante, que vivió y trabajó en la primera mitad del siglo XVI, realizando además de este retablo, el de la iglesia de San Juan de Huarte -con el que presenta evidentes analogías- y otros de menor envergadura para las parroquias de Echauri, Galar y Muniáin de la Solana. Comenzando por el banco, se suceden cinco escenas referentes a la Pasión: Flagelación, Cruz a cuestas, Piedad, Santo Entierro y Resurrección. El primer cuerpo se destina a la vida del titular San Andrés y en él se representan: la Pesca Milagrosa, la Predicación de San Andrés, el Santo ante el juez y el Martirio. El siguiente nivel acoge tablas relativas a la vida de la Virgen que se concretan en la Anunciación, Nacimiento, Epifanía y Asunción. Se completa el programa iconográfico de pinturas con dos tablas del ático en las que figuran Santiago y San Roque por un lado y San Miguel y San Julián por el otro. Como ya se ha mencionado, la calle central acoge tallas de bulto de carácter expresivista, en estrecha relación con el programa desarrollado en cada cuerpo; así, en el primero se alberga una escultura de San Andrés, en el segundo de la Virgen con el Niño y en el ático, como es usual, el Calvario.

El retablo mayor de la iglesia de Zizur Mayor fue declarado Monumento Nacional el 20 de agosto de 1973. Pero antes, en 1944, fue restaurado por la Institución Príncipe de Viana.

La prensa del momento anunciaba así este importante acontecimiento cultural: 

“Oportunamente anunciamos que el señor párroco de Zizur Mayor Don Ramón Esparza nos había comunicado la celebración de una fiesta con motivo de la reintegración al culto en dicha parroquia del altar mayor, cuyo hermoso retablo ha sido restaurado por la Institución Príncipe de Viana. Esta fiesta que ha preparado el señor párroco para solemnizar la inauguración del altar —y de otras obras que se han realizado en la iglesia costeadas por el ayuntamiento y vecindario—, se celebra mañana con una serie de actos religiosos de los que el principal será la misa solemne a las once y a las que asistirá el Excelentísimo Señor obispo Doctor Olaechea con las autoridades.La iglesia ha quedado preciosa con las reparaciones llevadas a cabo y sobre todo con las restauración de los oros y de los cuadros del retablo, de los que reproducimos hoy, algunos”.

La renovación del retablo se centró fundamentalmente en la restauración de las tablas y esculturas, en la limpieza de los capiteles de la nave, y en el arreglo de la nave de acceso al templo y de la barandilla del comulgatorio y púlpito. Las obras de restauración se llevaron a cabo gracias a la colaboración de la Institución Príncipe de Viana y del Museo del Prado de Madrid. El pueblo contribuyó también con aportaciones económicas, y el mismo Concejo se comprometió a costear la restauración del mobiliario del que no se hizo cargo la Institución, como el púlpito y la barandilla del comulgatorio.

Años más tarde, en 1968, se volvieron a realizar reformas y mejoras que embellecieron la parroquia, por lo cual la Diputación Foral premió a la localidad. La obra costó 840.000 pesetas. Los feligreses aportaron 250.000 pesetas. 

Antes de que se procediese a la restauración promovida en 1944 por la Institución Príncipe de Viana, este retablo se asentaba en un espacio diferente:

“sobre una gran losa que se llamaba ara máxima, única que constituía el altar primitivo, a lo sumo con un pequeño panel, y en esta iglesia se halla una demostración de que, antes de los sagrarios actuales, se reservaba el Santísimo en un nicho abierto en la pared; porque en el lado del Evangelio existe una de esas alacenas con su enverjado y decoración ojival en todo su contorno. Puede suponerse que, construido el retablo en la época que señala la inscripción, transcrita, había de emplearse con profusión los motivos del fecundo y genial estilo plateresco”.